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安装与认证说明

适用于 clinResearchKit v1.1.4:下载交付文件、安装 R 包、配置数据路径、在 R 中完成激活,并在系统提示时再进行网页侧操作。

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先准备这 4 项

1. 安装包

默认交付 clinResearchKit_1.1.4.tar.gz;Windows 用户可同时收到 clinResearchKit_1.1.4.zip

2. 激活码

购买后会收到形如 CLIN-XXXX-XXXX-XXXX 的专属激活码。

3. 数据文件

NHANES、GBD、MIMIC、多国老年数据需单独下载并解压到本地目录,再用包内函数登记路径。

4. 运行环境

建议使用 R ≥ 4.1.0。macOS 如需源码编译,请先装 Xcode Command Line Tools;Windows 请预装 Rtools。

下载交付文件 安装并加载 配置数据路径 R 端激活 网页侧备用操作 安装完成后自检
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如果你收到的是客户交付包

如果你的订单中同时包含安装包、激活码和客户数据包,建议直接使用客户交付专用说明页,按“安装 → 激活 → 解压数据包 → 运行脚本 → 自检”的顺序一次完成。

客户安装 + 激活 + 数据配置说明
适合直接转给客户的正式操作页
适用场景
已收到安装包、激活码,以及客户数据包压缩文件时优先使用
1

下载交付文件

购买后,请从订单交付包或管理员提供的下载入口获取安装包与数据文件。默认安装包文件名为 clinResearchKit_1.1.4.tar.gz; Windows 用户如果拿到二进制包,也可以直接使用 clinResearchKit_1.1.4.zip

建议:先把安装包放到 ~/Downloads/ 或一个纯英文目录, 再开始安装。文件名中如果带空格、中文或重复后缀,建议先手工整理成标准文件名。

2

安装 R 包

如果你拿到的是源码包,推荐直接用下面的命令安装;Windows 用户如果交付的是二进制包,也可以直接安装 zip。

# macOS / Windows / Linux:源码包安装(推荐)
install.packages("~/Downloads/clinResearchKit_1.1.4.tar.gz",
                 repos = NULL,
                 type  = "source")

# Windows:如果交付的是 zip 二进制包,也可以这样安装
install.packages("~/Downloads/clinResearchKit_1.1.4.zip",
                 repos = NULL,
                 type  = "binary")

# 加载包并确认版本
library(clinResearchKit)
packageVersion("clinResearchKit")

R 版本要求:建议使用 R ≥ 4.1.0。若源码安装时报编译错误,macOS 先运行 xcode-select --install;Windows 请先安装 Rtools

3

首次加载与依赖检查

大多数核心依赖会在安装包时自动解决;如果你计划直接运行地图、表格或高级图形功能,建议再执行一次依赖检查。

# 加载包
library(clinResearchKit)

# 安装全部依赖(推荐)
install_deps()

# 如只想先装核心依赖
install_deps(include_optional = FALSE)

如果安装后遇到报错:不用先手工整理一堆错误信息,可以直接去看 Kimi 调试说明, 用 kimi_debug_r()kimi_debug_file() 接着修。

4

配置数据路径

clinResearchKit 不直接内置完整数据库内容。安装完成后,请把你收到的数据文件解压到本地,再登记路径。

# 配置四个数据源路径(根据你实际存放位置修改)
locate_data("nhanes",  "~/clinResearchKit-Data/NHANES")
locate_data("gbd",     "~/clinResearchKit-Data/GBD")
locate_data("mimic",   "~/clinResearchKit-Data/MIMIC")
locate_data("elderly", "~/clinResearchKit-Data/Elderly")

# 查看当前配置
show_data_paths()

# 或使用交互式向导
data_wizard()

数据交付建议:如果后续打算换电脑,最稳的做法是把整个数据根目录原样迁移到新设备,再重新执行一次 locate_data()

5

R 端激活(先获取机器码)

clinResearchKit 的标准激活主路径是在 R 中完成。 第一次使用时,先在本机运行 get_machine_id() 获取机器码并发送给管理员;收到专属 CLIN-XXXX-XXXX-XXXX 后,再在 RStudio 或 R Console 中运行激活命令。网页侧不是默认起点。

# 加载包
library(clinResearchKit)

# 第一次使用:先获取本机机器码并发送给管理员
get_machine_id()

# 收到专属激活码后再执行激活
activate("CLIN-XXXX-XXXX-XXXX")

# 查看激活状态
check_license()

# 如需从当前机器解除本地授权(换设备前可先执行)
deactivate(confirm = TRUE)

当前标准口径:先运行 get_machine_id(),把输出的机器码发给管理员;收到专属 CLIN-XXXX-XXXX-XXXX 后,再运行 activate()。 激活成功后,建议立刻再运行一次 check_license()

6

网页侧操作(仅在系统提示时使用)

当前标准激活口径仍是:先在 R 中运行 get_machine_id(),收到激活码后再运行 activate() 只有在系统明确提示需要浏览器确认、订单页面提供了专属确认链接、或管理员要求处理设备迁移时,才需要进入网页侧继续操作。网页侧主要用于登录账号、查看网页侧绑定状态和处理异常迁移,不替代上面的 R 端激活命令。

  1. 常规首次激活不需要先进入网页;只有订单或系统明确提示网页确认流程时,才使用购买时对应的账号登录医研AI工具库。
  2. 如果你收到了专属设备确认链接,登录后按页面提示点击 确认绑定此设备
  3. 需要复核网页侧绑定状态时,可进入 个人中心 查看当前设备与授权状态。
  4. 如果管理员明确要求在网页侧处理旧设备释放,再按页面提示完成后,回到新电脑重新运行 activate("CLIN-XXXX-XXXX-XXXX")

避免误解:当前默认主流程仍然是“先在 R 中运行 get_machine_id(),收到专属激活码后再运行 activate()”。 网页侧只在系统明确提示、订单页面提供确认链接、或管理员要求处理异常迁移时使用。

7

安装完成后的自检

第一次安装完成后,建议先做一轮最小自检,确认版本、激活状态与数据路径都已经落地。

library(clinResearchKit)
packageVersion("clinResearchKit")
check_license()
show_data_paths()

看到什么算正常:能返回当前版本号、显示“已激活”状态,并列出你刚刚登记的数据目录,就说明安装与授权已经基本完成。

常见问题

提示 “no permission to write to '/Library/Frameworks/R.framework'”

通常是 macOS 写权限问题。可在终端执行 sudo R 后安装,或检查 R / RStudio 的安装目录权限。

提示 “Installation of package 'xxx' had non-zero exit status”

通常是系统缺少编译工具。macOS 运行 xcode-select --install,Windows 安装 Rtools 后再试。

提示 “无法连接网络” 或依赖下载很慢

可先切换 CRAN 镜像:options(repos = c(CRAN = "https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))

提示 “机器指纹不匹配” 或旧设备占用

先在旧设备执行 deactivate(confirm = TRUE);如果当前一机一码流程仍无法解决,请先联系管理员。只有在网页侧明确显示旧设备占用时,再登录个人中心按提示处理。

什么时候才需要网页确认?

只有系统或管理员明确提示需要浏览器确认、你收到了专属确认链接、或者需要处理异常迁移时,才需要网页侧操作。日常安装与首次授权,优先还是在 R 中先运行 get_machine_id(),收到专属激活码后再运行 activate()