clinResearchKit 临床研究工具包 - 一键式 GBD/NHANES/MIMIC/多国老年数据分析

# 安装与激活
install.packages("clinResearchKit_1.1.4.tar.gz", repos = NULL, type = "source")
library(clinResearchKit)

# 配置数据路径
locate_data("nhanes", "~/clinResearchKit-Data/NHANES")

# 激活
activate("CLIN-XXXX-XXXX-XXXX")

# 加载数据并生成 Table 1
data <- nhanes_merge(c("DEMO", "BMX", "BPX"))
tbl <- nhanes_table1(data, strata = "DIABETES", export = "xlsx")
print(tbl)

NHANES Cox 回归 + 森林图

# 创建调查设计
design <- create_nhanes_design(nhanes_data)

# Cox 回归
result <- nhanes_cox(data,
  Surv(permth_int/12, mortstat) ~ BMI_group + age + sex)

# 森林图
p <- nhanes_forest_plot(result)
print(p)
ggsave("forest_plot.pdf", p, width = 10, height = 6)

GBD EAPC 趋势分析

# 计算 EAPC 并绘制趋势图
eapc_result <- gbd_eapc(gbd_data, measure = "Incidence")
print(eapc_result)

p <- gbd_trend_line(gbd_data,
  measure = "Incidence",
  add_eapc = TRUE)
print(p)

🛠️ Kimi 调试与代码修复

如果你平时在 R 里最烦的是报错、测试挂掉、文件改崩了，那这一块就是给你用的。 clinResearchKit 内置了两个 Kimi 调试入口：一种用来直接修一段代码，另一种用来直接修整个文件。它会把现有代码、报错信息和你的目标一起交给 kimi-k2.5，默认使用 think 模式，修完后还能顺手继续运行或重跑验证。

这个功能是什么

• 它是给 日常 debug 用的，不是拿来凭空写研究结果的。
• 适合处理 stop()、object not found、语法错误和 testthat 失败。
• 先跑你的原始代码；能跑就直接返回，跑不通才调用模型。
• 出错时会连同代码、报错和修复目标一起发送，让 Kimi 给出新的可执行版本。
• 最终会把结果、最终代码、执行历史和 diff 一起返回，方便你自己复核。

适合什么场景

• 控制台刚报错，想直接接着修，不想来回复制错误信息。
• 某个函数文件改崩了，想按文件级别整体修一遍。
• testthat 测试失败后，想让它围绕失败点继续改代码再重跑。
• 只记得文件名，不想每次都补完整路径，希望优先从 R/ 或 tests/testthat/ 自动找。
• 想在“允许整段重写”和“尽量保留原结构”之间切换修复策略。

两个核心函数

控制台 / 片段级 kimi_debug_r()

用来修你当前正在跑的一段 R 代码，也可以按一句任务描述临时生成一段新代码。它会先执行你给的内容；如果失败，再把错误上下文交给 Kimi 接着修。

• 支持 expr 或 code 输入。
• 可通过 task 直接说明“要修成什么样”。
• 默认 think = TRUE，并自动执行模型生成代码。
• 支持 mode = "free_agent" 或 "strict_debug"。
• 返回 success、result、final_code、history 等字段。

文件 / 测试级 kimi_debug_file()

用来直接修一个 R 源文件。你可以给完整路径，也可以只给文件名；它会先在当前包的常见目录里找目标文件，找不到或有歧义时再明确提醒你。

• 支持 file = "foo.R" 这类裸文件名输入。
• 优先搜索 R/、tests/testthat/ 等包结构。
• 如未手工提供 bug / task，会尽量吸收最近一次控制台或 testthat 错误上下文。
• 支持修完后继续跑 test_file 或 filter。
• 可直接写回文件，并返回修改后的 diff 方便人工复核。

怎么用

1. 修一段刚刚报错的代码

# 如果代码执行失败，Kimi 会尝试改写并自动重跑
res <- kimi_debug_r(
  code = "stop('boom')",
  task = "Repair the code so that it returns the integer 2."
)

res$success
res$result
res$final_code

这个入口很适合控制台里的临时调试、最小复现和函数片段试错。如果原始代码本来就能正常运行，它会直接把结果返回给你，不会多走一步。

2. 直接修一个函数文件

# 既可以给完整路径，也可以只给文件名
res <- kimi_debug_file(
  file = "foo.R",
  project_path = "/path/to/pkg",
  bug = "foo() 应该返回整数 2，而不是报错",
  mode = "free_agent"
)

res$target_file
res$diff

当你只提供文件名时，它会优先在当前项目的 R/ 和 tests/testthat/ 里找；如果同名文件不止一个，也会直接告诉你要选哪一个。

3. 修完后自动重跑指定测试

# 让它围绕某个测试文件继续修复并验证
res <- kimi_debug_file(
  file = "R/foo.R",
  project_path = "/path/to/pkg",
  test_file = "test-foo.R",
  filter = "foo returns integer"
)

res$success
res$verification

这更接近日常包开发：测试一挂，就让它围绕失败点继续修，修完马上再跑一遍。

配置说明：通常不必每次都显式传入 config_path。如果你的配置已放在默认位置（例如 ~/.config/kimi-k25、 ~/.config/kimi-default），或者已设置环境变量， kimi_debug_r() / kimi_debug_file() 会自动读取对应的 Key、Base URL 和模型配置。

使用边界：这组函数默认聚焦“修代码”，不是凭空生成精确研究结果。如果任务看起来在要求最终表格、图形或统计数值，但当前并没有明确的真实数据上下文，默认的 truth_guard = "stop" 会直接停止，并明确提示“缺少真实数据，拒绝生成结果表/图”。另外，模型生成的代码会在本地会话里执行，所以更适合在你信任的工作目录里使用，并保留最后的人手检查。

授权与定价

基础版 ¥599

✅ NHANES + GBD 模块
✅ 全部基础分析函数
✅ 1台设备永久授权
✅ 免费更新
❌ MIMIC 模块
❌ 多国老年数据模块

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